蒽醌母核常有具酸性基团：如COOH、α-phOH和β-phOH，故一般显酸性。在这三类基团中，具COOH的蒽醌酸性最强；phOH数目越多，酸性也越强，但要注意相对位置，由于α-phOH能和中位羰基形成分子内氢键，故β-phOH酸性强于α-phOH酸性。综上所述：酸性由强到弱为含COOH及2个以上β-phOH者(可溶5%NaCO₃)>1个β-phOH者(可溶于5%Na₂CO₃)>2个以上α-phOH者(可溶于1%NaOH)>1个α-phOH者(可溶于5%NaOH)。据此，可用pH梯度法分离不同酸性的蒽醌苷元类化合物。