生物碱及其盐类的溶解度与其分子中N原子的存在形式、极性基团的种类、数目、溶剂的种类密切相关。按生物碱在常见溶剂中溶解能力的不同，将其分为脂溶性生物碱和水溶性生物碱两大类。

(1)脂溶性生物碱：包括绝大多数仲胺、叔胺生物碱，能溶于MeOH、EtOH、Me₂CO，易溶于极性较低有机溶剂的Et₂O、Ben、卤代烷类，尤其是CHCl₃中(这是因为生物碱中N上未共用电子对与H形成氢键)，难溶于或不溶于H₂O及碱水。

(2)水溶性生物碱：包括季胺碱类，某些含N→O化合物，可溶于水、醇；难溶于极性较低的有机溶剂如Et₂O、Ben、卤代烷类等。

(3)生物碱盐：一般易溶于水，难溶于极性较低有机溶剂，可溶于甲醇、乙醇。生物碱盐类对水的溶解度因成盐的酸不同而异。一般情况下，①无机酸盐的水溶性>有机酸盐。②无机盐中含氧酸盐>卤代酸盐。③卤代酸盐中，以盐酸盐的水溶性最大，氢碘酸盐水溶性最小。④小分子有机酸盐>大分子有机酸盐(多难溶于水)。生物碱盐的水溶液加碱至碱性能析出游离的生物碱，碱性极弱的生物碱和酸不易成盐，难溶于酸水。

(4)具有特殊功能团的生物碱：具有-COOH的生物碱为两性ALK，能溶于中性、酸性、碱性水。具有Ar-OH的生物碱：能溶于稀NaOH强碱水中，难溶于NaHCO₃水中。具有内酯、酰胺结构的生物碱：溶于热的稀NaOH强碱水中(内酯环、酰胺结构开裂成盐)。