纸层析适合于分离各种天然黄酮类化合物及其苷类的混合物。混合物的鉴定常采用双向色谱法。一般第一向展开采用某种醇性溶剂，如正丁醇-乙酸-水(4：1：5上层，BAW)或水饱和的正丁醇等，这些主要是根据分配作用原理进行的，黄酮类化合物分子中羟基苷化后，极性即随之增大，故在醇性展开剂中比移值相应降低，因此同一类型苷元，比移值依次为：苷元>单糖苷>双糖苷。第二向展开剂则用水或下列水溶液，如2%～6%乙酸，3%氯化钠等，它们主要是根据吸附作用原理进行分离。黄酮类化合物分子中羟基苷化后，极性增大，故在水性展开剂中比移值相应增大，因此同一类型苷元，比移值依次为：双糖苷>单糖苷>苷元，与醇性溶剂展开结果正好相反。对于黄酮类化合物苷元，平面分子如黄酮、黄酮醇、查耳酮等，几乎停留在原点不动(R<0.02)，而非平面分子如二氢黄酮、二氢黄酮醇、二氢查耳酮等，因亲水性较强，故比移值较大(R0.10～0.30)。