核酸探针技术是最早运用到临床实践中的分子生物学技术，其原理是选择某一组病原体特异的基因序列，进行克隆、合成，然后用作探针，探针与临床标本中的靶DNA或靶RNA杂交，核酸探针与靶核酸互补序列的结合有高度特异性，可在种或高于或低于种的水平鉴定病原体。